中科院微生物所建成人腸道菌株資源庫 含400種不同物種及24種腸道微生物“暗物種”-
作者:馮麗妃
發布時間:2021-06-09
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中科院微生物所建成人腸道菌株資源庫 含400種不同物種及24種腸道微生物“暗物種”-

 腸道微生物與(yu) 宿主健康和生長發育密切相關(guan) 。微生物所供圖

近日,中科院微生物所研究員劉雙江團隊構建了包含400個(ge) 不同物種的健康人群腸道微生物菌株資源庫(hGMB),相關(guan) 成果發表於(yu) 《微生物組》期刊。

越來越多的證據表明,腸道微生物與(yu) 宿主健康和生長發育密切相關(guan) 。目前,僅(jin) 有不足半數的腸道微生物物種,成功地在實驗室獲得純培養(yang) 和命名。腸道微生物菌株資源的匱乏,極大的限製了腸道微生物的應用與(yu) 研究。

此次他與(yu) 團隊構建的hGMB包括400個(ge) 不同的物種,其中有102個(ge) 物種為(wei) 首次分離、培養(yang) 和鑒定,1170株代表性菌株保存在中國普通微生物菌種保藏中心,已經向科研界和產(chan) 業(ye) 界提供了數次菌株服務,支持腸道微生物功能開發和微生物-宿主互作的研究。為(wei) 了充分發揮和挖掘菌株資源的價(jia) 值,該資源庫物種信息已在網站(hgmb.nmdc.cn)公布。

據介紹,hGMB的構建曆時兩(liang) 年,研究團隊從(cong) 239例來自不同地區和不同年齡的體(ti) 檢健康人群的新鮮糞便樣品中挑取超過2萬(wan) 個(ge) 單克隆,擴大培養(yang) 後從(cong) 中鑒定出超過1萬(wan) 個(ge) 純培養(yang) 分離株。通過對健康人腸道宏基因組分析,發現該菌株資源庫中的85個(ge) 新物種出現在超過90%健康人腸道中,同時覆蓋79%人腸道已知常見屬和75%常見物種。

與(yu) 目前最大的人腸道基因組數據庫(UHGG)對比,hGMB貢獻了24個(ge) 在腸道免培養(yang) 組學研究中未被探測到卻普遍存在的“暗物種”。

作者表示,鑒於(yu) 腸道微生物菌株資源庫的建設是開發利用腸道微生物的基礎,是認知宿主—微生物互作機製中至關(guan) 重要的一環,構建中華腸道微生物資源庫具有長遠的戰略意義(yi) 和經濟社會(hui) 價(jia) 值。

去年,該團隊還發表了迄今為(wei) 止最大的模式動物小鼠腸道微生物資源庫(mGMB),包含126種微生物及其基因組,其中77種微生物是首次成功分離培養(yang) 的新物種,使得可培養(yang) 的小鼠腸道微生物菌株資源從(cong) 48個(ge) 屬增加到110個(ge) 屬、從(cong) 76種增加到180種,且在此過程中形成了一套厭氧微生物分離培養(yang) 與(yu) 物種鑒定描述的最簡標準化流程。

相關(guan) 論文信息:https://doi.org/10.1186/s40168-021-01064-3


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