會員登錄
通訊員 高芸 科技日報記者 寇勇
2月17日，由中國科學院院士黃路生領銜的江西農(nong) 業(ye) 大學科研團隊在國際頂級學術期刊《Nature Communications 》發表重大科研成果，提供了目前為(wei) 止國際上規模最為(wei) 宏大的豬腸道微生物基因集和基於(yu) 宏基因組組裝的基因組。該成果的麵世，為(wei) 豬腸道微生物組相關(guan) 研究提供了重要的擴展資源。
（豬腸道微生物基因及基因組合集構建流程圖）
家豬是人類食用的主要肉類，同時還是生物醫學研究的動物模型。豬的胃腸道中有數萬(wan) 億(yi) 細菌，它們(men) 在宿主的新陳代謝、免疫甚至行為(wei) 中起著至關(guan) 重要的作用。在腸道菌群與(yu) 豬重要經濟性狀的因果關(guan) 係研究中，其參考基因以及高質量的微生物基因組，是了解特定微生物的功能作用及其量化必不可少的資源，但在目前的數據庫中，隻有部分微生物的基因組及相關(guan) 功能基因的注釋信息，約40–50％的腸道微生物缺乏參考基因組。
據了解，與(yu) 易受偏倚，敏感性低以及腸道微生物組缺乏功能性信息的16S rRNA基因測序相比，宏基因組測序可用於(yu) 推斷微生物群落的生物學功能，並已逐漸用於(yu) 基於(yu) 宏基因組關(guan) 聯分析挖掘腸道微生物組與(yu) 宿主表型之間關(guan) 聯的相關(guan) 研究中。但使用目前常用的組裝方法進行宏基因組測序數據分析時，可能會(hui) 產(chan) 生錯配和嵌合重疊群，並將明顯的偏倚引入結果。因此，迫切需要完整的微生物基因目錄和參考基因組序列信息來研究腸道微生物組。
黃路生院士團隊采集了不同年齡、性別、品種、地理區域、不同腸道部位和不同野豬來源的500個(ge) 樣本，進行深度宏基因組測序，並整合了現有的豬腸道菌群基因組，構建整合了豬腸道微生物基因目錄（PIGC），其中包含來自787個(ge) 腸道元基因組的17,237,052個(ge) 完整基因，它們(men) 以90％的蛋白質同一性聚類，其中28％是未知蛋白質。與(yu) 此同時，通過采用分箱分析模式，構建了6339個(ge) 基於(yu) 宏基因組組裝的微生物基因組（MAG），它們(men) 被聚集成2673個(ge) 物種級別的基因組倉(cang) ，其中超過86％為(wei) 當前數據庫中沒有可用的基因組序列。
在這項研究中，黃路生院士及江西農(nong) 業(ye) 大學首席教授陳從(cong) 英帶領團隊使用構建的PIGC和MAG，比較了野豬和高度商業(ye) 化杜洛克豬腸道微生物組之間的差異，發現兩(liang) 者之間腸道菌群組成差異顯著，為(wei) 從(cong) 腸道菌群角度分析野豬抗逆性和商業(ye) 豬種高生長速度、高飼料利用提供初步參考數據，尤其是野豬腸道菌群樣品以及空腸、回腸和盲腸內(nei) 容物樣品的使用，極大地增強了PIGC和MAG的廣泛代表性。
關(guan) 注【深圳科普】微信公眾(zhong) 號，在對話框：
回複【最新活動】，了解近期科普活動
回複【科普行】，了解最新深圳科普行活動
回複【研學營】，了解最新科普研學營
回複【科普課堂】，了解最新科普課堂
回複【科普書(shu) 籍】，了解最新科普書(shu) 籍
回複【團體(ti) 定製】，了解最新團體(ti) 定製活動
回複【科普基地】，了解深圳科普基地詳情
回複【觀鳥星空体育官网入口网站】，學習(xi) 觀鳥相關(guan) 科普星空体育官网入口网站
